"Salajane käsikiri" on üles ehitatud kahe vahelduva jutustusena. Üks jutustaja, Roseanne Clear, on veetnud aastakümneid vaimuhaiglas, kuhu ta pandi mitte niivõrd tema meelehaiguse, kuivõrd selle tõttu, et ta oli liiga ilus ja liiga häiriv. Lisaks võib teda pidada üheks Iiri ajaloo ohvriks, kellel ei olnud oma saatuse osas palju kaasa rääkida. Teist lugu kirjutab Roseanne'i raviarst doktor Grene, kes on küll Iirimaal sündinud, kuid Inglismaal kasvanud, ning püüab kõrvaltvaatajana aru saada, kuidas Roseanne vaimuhaiglasse jõudis. Kõige selle taustaks on aga Iirimaa ajalugu 20. sajandi esimesel poolel, mis kummitab endiselt inimeste mõtetes ja otsustes ning on muidugi otsesemalt või kaudsemalt tajutav ka tänapäeva Iiri kirjanduses ja kunstis.